Appel à Projets 2020

Calendrier

  • Diffusion de l’appel à projets : 3 février 2020
  • Clôture des dépôts de dossiers: 9 mars 2020
  • Instruction des dossiers par les membres du Bureau et communication aux lauréats : 16 mars 2020

Conditions de l’appel à projets

Un appel à projets interne finançant des projets collaboratifs a été lancé le 3 février 2020. Cet appel est ouvert à tout collectif de chercheurs de la SFR émanant d’au moins deux unités membres.

Pour en savoir plus, téléchargez l’appel à projet Campus de la Mer 2020

Résultats

Action 2020-1. Soutien à la valorisation de travaux communs s’inscrivant dans l’Axe 2 thème 2.3 : action de promotion de la plateforme 3PAC au colloque Micro 2020. Interactions LSA (Alexandre Dehaut, Guillaume Duflos), BioEcoAgro (Périne Doyen, Thierry Grard), et LOG (Sami Souissi, Sébastien Monchy, Rachid Amara). Budget alloué initial : 1 150 € – aucuns frais engagés car le colloque a finalement eu lieu en visioconférence

Action 2020-2. Financement d’analyses pour appuyer des travaux de thèse pour un montant de 3 705 euros. Interactions LOG (Éric Armynot du Châtelet, Maiwenn Herlédan) et TVES (Éric Masson)  s’inscrivant dans l’Axe 3.

Action 2020-3. [ANNULÉE] Soutien au développement d’un outil numérique (action émergente) : « Étude des liens diversité-production primaire des microalgues par approche automatisée couplées à des techniques Geometric Machine Learning ». Ce projet collaboratif entre le LOG ( Fabrice Lizon), l’IFREMER-LERBL (Alain Lefebvre, David Devreker) et le LISIC (Emilie Poisson-Caillault, Pierre-Alexandre Hébert) est financé à hauteur de 3 220 euros.

Action 2020-4. [REPORTÉE 2021] Organisation d’un séminaire étudiant autour des thématiques de l’Axe 1 organisé par le LRHBL (Paul Marchal) et le LSA (Mélanie Gay), pour un montant de 2 000 euros.

Action 2020-5. [REPORTÉE 2021] Atelier thématique international « Interactions hôte-parasite et leurs effets sur le fonctionnement des écosystèmes marins » co-organisé par le LRHBL (Pierre Cresson) et le LSA (Mélanie Gay) à Boulogne-sur-Mer pour un montant de  3500 euros. Cet action s’inscrit dans l’Axe 1 thème 1.3.

Action 2020-6. Projet d’observations en mer et d’analyse de données : achat de consommables et frais de missions pour un montant de 3 900 euros. Ce projet vise à bâtir une nouvelle synergie entre le LOG (Alexei Sentchev, François G. Schmitt, Xavier Mériaux) et le LISIC (Guillaume Fromant, Geaorges Stienne, Serge Reboul). Projet scientifique de rattachement : CPER MARCO, Axe 1, Action 1.4 et Axe 6, Action 6.2

Action 2020-7. Soutien à un projet de recherche émergent (frais d’analyses) : « Les stress émergents chez les organismes intertidaux : approche par la protéomique ». Collaboration LOG (Vincent Bouchet, Laurent Seuront, Nicolas Spilmont, Dewi Langle) et le LSA (Guillaume Duflos et Alexandre Dehaut) soutenue à hauteur de 2 500€ HT.

Action 2020-8. Soutien à la construction de trois « AGITURB » pour expérimentation turbulente sur le phytoplancton. Projet interdisciplinaire porté par un physicien (François Schmitt, LOG) et une biologiste (Urania Christaki, LOG). Montant de la subvention : 2446 euros HT.

Construction de systèmes AGITURB pour des expérimentations turbulentes sur le phytoplancton.

Au LOG, des travaux portent depuis de longues années sur la turbulence et les couplages entre turbulence et plancton. La turbulence joue un grand rôle dans le transport de composés dissous (sels nutritifs), le transport de particules inertes ou vivantes (phytoplancton, zooplancton), et le taux de contact entre celles-ci. Dans ce domaine, dans le cadre du projet CPER MARCO une étude est en cours depuis 2019 pour mettre en place au laboratoire un système de génération de turbulence appelé AGITURB. Quatre agitateurs avec des sens de giration contrarotatifs sont placés sous un aquarium pour générer une turbulence ayant, dans une zone centrale, des propriétés statistiquement homogènes et isotropes. Ce système a été mis en place depuis quelques mois au sein du LOG pour mesurer l’influence de la turbulence sur des copépodes.

Dans le cadre du présent projet, nous proposons d’utiliser ce système pour générer une turbulence à la fois contrôlée, et d’une intensité variable pouvant être modifiée en changeant la vitesse de rotation des agitateurs. Le niveau de turbulence est caractérisé par le nombre de Reynolds Re, la valeur de l’énergie cinétique K, et le taux de dissipation. Les valeurs de ces trois paramètres en fonction de la vitesse de rotation sont connues. Actuellement au LOG existe 1 système. Dans le cadre des expérimentations avec les diatomées Pseudo-nitzschia on a besoin d’un total de 9 systèmes, dont 6 seront équipés des agitateurs (et 3 servent de contrôle). Le projet financé par la SFR Campus de la mer a servi à participer au financement de ces systèmes supplémentaires.

Action 2020-9. « Écologie parasitaire et réseaux trophiques (ParaTroph) » : réactifs et consommables pour l’ analyse des échantillons issus de la campagne scientifique IBTS 2021 de l’Ifremer. Collaboration LRHBL (Pierre Cresson, Sarah Werquin) / LSA (Mélanie Gay) soutenue à hauteur de 5 904 €.

Les parasites sont souvent vus uniquement comme une menace pour la santé, que ce soit de leur hôtes animaux ou des consommateurs humains. Ils ont également été fréquemment utilisés comme marqueurs de populations et de contamination chimique. Pour autant, une vision moderne de l’écologie les intègre comme des membres à part entière du fonctionnement des écosystèmes et décrit les relations hôte-parasite comme ayant les mêmes effets que les relations proie-prédateur sur le maintien de la biodiversité et la résistance aux perturbations. Au sein des écosystèmes aquatiques, les Anisakidae, nématodes parasites, représentent les parasites les plus fréquemment observés dans les poissons. Ces parasites sont présents au stade larvaire dans divers organes des poissons et leur cycle biologique repose sur des relations proie-prédateur. Ils ont donc un rôle probablement prépondérant dans le fonctionnement des écosystèmes marins. Ils ont par ailleurs été décrits comme zoonotiques.

Dans le cadre d’une approche multidisciplinaire et holistique, le Laboratoire Ressources Halieutiques Manche Mer du Nord et le Laboratoire de Sécurité des Aliments – site de Boulogne sur Mer ont abordé la thématique de l’écologie parasitaire. L’objectif était double : d’une part acquérir des données pour une meilleure compréhension des mécanismes régissant les niveaux d’infestation des poissons par les larves d’Anisakidae et d’autre part évaluer l’influence de ces parasites sur les réseaux trophiques et caractériser les flux trophiques entre ces hôtes et ces parasites. Le co-encadrement d’une étudiante du Master 2 FOGEM en alternance à l’Ifremer a permis de développer cette thématique en prenant comme modèle d’étude les relations entre les Anisakidae et le merlan en Manche-mer du Nord.

Des échantillons issus de la campagne scientifique IBTS 2021 de l’Ifremer ont fait l’objet d’une recherche des Anisakidae présents et de l’analyse comparée des traceurs trophiques (isotopes stables et contenus stomacaux) dans l’hôte poisson et dans ses parasites. Par ailleurs, des données environnementales (coordonnées géographiques, température, …) et biotiques (données biométriques) ont été consignées pour chaque échantillon. La zone d’échantillonnage a été subdivisée en 5 zones : la Manche, le Sud, l’Est, le Milieu et l’Ouest de la Mer du Nord. Toutes zones confondues, 397 merlans ont été analysés, avec des effectifs et des tailles comparables entre les zones. Les prévalences (nombre de poissons infestés par au moins un parasite sur le nombre de poissons analysés) observées pour chaque zone géographique variaient de 42,17% à 67,61%. Par ailleurs, les prévalences étaient croissantes en fonction de la taille des individus. Les résultats des identifications moléculaires des parasites ont montré la présence de 2 espèces d’Anisakis, A. simplex et A. pegreffii et la présence du genre Contracaecum (identification à l’espèce en cours) avec des localisations différentes dans les organes des poissons en fonction des genres de parasites.