AAP 2019

Calendrier

Un premier appel à projets a été diffusé mi-mars 2019 sur un montant initial de 10 000€. La date limite de réception des dossiers a été fixée fin avril et la décision a été communiquée aux lauréats début mai.

Un second appel à projets sur reliquat a été lancé le 27 septembre 2019. Les dossiers ont été réceptionnés jusqu’au 14 octobre et la communication aux lauréats a eu lieu de 21 octobre 2019.

Conditions de l’appel à projets

L’objectif a été de consolider les interactions entre au moins deux laboratoires constitutifs de la SFR sur des thématiques inscrites dans le projet de la SFR ou pouvant émerger. Ont été éligibles au financement: l’organisation de réunions, d’ateliers, invitations de personnalités extérieures, frais de publications, de colloques, soutien à des actions émergentes ou à des actions en cours dans le cadre de projets (Marco, Péropale…), « seed money » pour le dépôt de projet etc… (liste non exhaustive). Si la grande majorité des interactions potentielles a été définie dans le projet, la liste n’est certainement pas exhaustive et les nouvelles propositions qui rentrent dans cette philosophie sont les bienvenues. La ligne budgétaire est une ligne de fonctionnement (pas d’équipement ou de salaire, mais vacations possibles). Les sommes allouées devaient être dépensées impérativement au cours de l’exercice 2019 (engagement avant fin novembre et facture avant mi-décembre).

La soumission a consisté en l’envoi d’un résumé du projet proposé problématique et l’objectif scientifique, méthodologie, les différents laboratoires impliqués, les coordonnées des chercheurs-es directement concernés-es ainsi que le montant demandé HT et TTC (le tout en une page). Les demandes ont été discutées et classées par le bureau de la SFR.

Lors de la deuxième vague ces principes ont été rappelés et la liste des actions soutenues en première vague a été diffusée.

Résultats

Action 2019-1. Frais de publication dans le journal PLOS One s’inscrivant dans l’Axe 1 thème 1.2 pour un montant de 1595 USD (1 470 €). Interaction LRHBL (Julien Di Pane, Léa Joly, Carolina Giraldo, Paul Marchal, Christophe Loots) et LOG (Éric Tavernier, Sébastien Monchy).

Di Pane J., Joly L., Koubbi P., Giraldo C., Monchy S., Tavernier E., Marchal P., Loots C., 2019. Ontogenetic shift in the energy allocation strategy and physiological condition of larval plaice (Pleuronectes platessa). Plos One https://doi.org/10.1371/journal.pone.0222261

Action 2019-2. Atelier thématique international sur la biodiversité fonctionnelle et les réseaux trophiques organisé par le LRHBL (Carolina Giraldo) et le LOG (Sébastien Lefebvre) qui s’est déroulé les 19 et 20 novembre 2019 s’inscrivant dans l’Axe 1 thème 1.2 pour un montant de 1 500€ (invitation personnalités internationales) complété par un montant de 700 € lors de la deuxième vague. Coût total 2 200€.

Action 2019-3Soutien à une action transversale « Microplastiques » du CPER Marco entre le LOG (Sébastien Monchy, Rachid Amara) et le LSA (Guillaume Duflos, Alexandre Dehaut) par l’achat de consommables en biologie moléculaire (1 700 €) s’inscrivant dans l’axe 2 thème 2.3., montant complété à hauteur de 2 800€ lors de la deuxième vague.

Les microplastiques (particules plastiques de taille < 5 mm) est une nouvelle catégorie de contaminants qui se retrouvent dans les écosystèmes du monde entier, et plus particulièrement dans l’environnement marin qui est souvent le réceptacle final des polluants. En raison de leur petite taille, les microplastiques peuvent être ingérés par un large éventail d’animaux marins (mammifère, poissons…) et d’organismes filtreurs (moules, huitres…). L’ingestion de ces microplastiques peut provoquer des altérations de la santé, de la digestion et de la nutrition de ces espèces marines en causant des dommages mécaniques au niveau du tube digestif et/ou en relarguant des composants chimiques associés à la formulation du plastique. Les microplastiques peuvent également servir de vecteur pour le transport de polluants environnementaux et de microorganismes pathogènes attachées à leur surface.

 

 

Dans ce contexte, nous avons étudié l’impact sur le microbiote intestinal de l’exposition de la moule bleue (Mytilus edulis) aux microplastiques. Pour cela, des moules ont été exposées pendant 6 semaines à des particules microplastiques « vierges » ou « vieillies » (un mois dans de l’eau de mer), à deux concentrations, l’une réaliste (0,2 mg L-1), l’autre élevée (20 mg L-1) mais cohérente avec les projections de contamination à long terme. Suite à cette exposition, le microbiote intestinal des moules a été déterminée par séquençage à haut débit du gène de l’ARNr 16S. Par rapport aux moules non exposées, une dysbiose (altération du microbiote intestinal) a été observée après 1, 3 et 6 semaines d’exposition, et persistait toujours 8 jours après la fin de la période d’exposition aux microplastiques. Cette dysbiose intestinale était d’autant plus prononcée que les moules étaient exposées à des microplastiques vieillis et/ou exposées à la concentration en microplastique la plus élevée. Par ailleurs, des microorganismes pathogènes humains potentiels ont été trouvés en plus grand nombre dans l’intestin des moules exposés aux microplastiques.

En conclusion, nos résultats ont démontré l’impact d’une exposition aux microplastiques sur le microbiote intestinal des moules et suggère des répercutions sur la qualité des aliments, la sécurité alimentaire, et sur l’équilibre microbien dans l’écosystème marin avec de possible conséquences sur le fonctionnement global du réseau trophique.

Action 2019-4Frais de mission pour la participation à un colloque international sous forme de présentation orale. Interaction LISIC (Georges Stienne, Serge Reboul) et LOG (Swanne Gontharet) s’inscrivant dans l’Axe 3 pour un montant de 1 150 €.

Semmling M., Stienne G., Gontharet S., Gerland S., Wickert J., 2019. Estimation of soil moisture and sea ice concentration – a GNSS reflectometry concept. International conference in Global Navigation Satellite System-Reflectometry (GNSS-R), Benevento, Italy, 20-22 may 2019.

http://www.gnssr2019.org/files/argid-marco_semmling_et_al.pdf

Action 2019-5Atelier thématique « Observations du milieu littoral par télédétection  et traitement des données spatiales» co-organisé par le LISIC (Serge Reboul) , TVES (Éric Masson) et le LOG (Cédric Jamet) s’inscrivant dans l’Axe 3 pour un montant de 340 €. Réalisé le 4 décembre.

La journée d’étude a permis de présenter les différentes thématiques de recherche des acteurs de la SFR sur la télédétection des océans et du littoral. Les activités de trois laboratoires de la SFR (LISIC, LOG, TVES) ont été présentées, montrant la diversité des applications et des approches. Après les présentations, une table-ronde a eu lieu permettant de montrer et comprendre les points de convergence sur les attentes en termes de développement algorithmique et d’application. Une discussion sur les appels à projets a terminé la discussion.

Programme :

10h00-10h10 Accueil (C. Jamet, S. Reboul)

10h10-10h30 Présentation des activités de l’équipe  « Dynamique côtière actuelle et récente » du Laboratoire LOG (C. Verpoorter)

10h30-11h00 Présentation des activités de l’équipe « Télédétection e tHydrodynamisme » du Laboratoire LOG (C. Jamet)

11h00-11h30 Présentation des activités de l’équipe Specifi du Laboratoire LISIC (G.Stienne) « Développement de capteurs d’observation aéroportée du littoral par caméra et par réflectométrie GNSS »

11h30-12h00 Présentation des activités du Laboratoire TVES (E. Masson)     14h00-14h10: « Intégration de la très haute résolution spectrale  (drone) à la haute résolution spatiale multispectrale (S2 -L8-SPOT6/7) » (C. Verpoorter)

14h10-14h25 « Factorisation en matrices non négatives et applications aux traitements d’images multi- et hyper-spectrales » (G. Roussel)

14h25-14h35: « Spatial and temporal multiscale analysis of the interactions between turbulence wind forcing and wave height dynamics using CFOSAT data »  (F. Schmitt, G. Yang)

14h25-14h35: « Détection de la colonne d’eau par lidar » (C. Jamet)

14h45-15h00 « Fusion d’informations sonars en milieu marin pour la mesure de Matières En Suspension » (G. Fromant)

15h00-16h00 Table ronde : Structuration et financement d’un axe fédérateur « Télédétection et Géovisualisation » (C. Jamet et S. Reboul)

Participants : Guillaume Fromant (LISIC), Cédric Jamet (LOG), Eric Masson (TVES), Mathieu Puigt (LISIC), Serge Reboul (LISIC), Gilles Roussel (LOG), François Schmitt (LOG), Georges Stienne (LISIC), Charles Verpoorter (LOG), Vincent Vantrepotte (LOG)

Suite à cette journée d’étude, un projet de recherche a été déposé auprès du Centre Nationale d’Etudes Spatiales (CNES) dans le cadre du programme TOSCA, porté par un membre du LOG et comprenant des membres du LISIC et du LOG. Un axe de recherche est inter-disciplinaire et concerne la fusion d’images spatiales issues de deux capteurs satellite. Ce début de collaboration a été étendue via un post-doctorant au LISIC financé par l’ULCO

Action 2019-6Réalisation d’un site web en soutien au réseau SNO COAST-HF (Porté par LOG, IR Ilico https://www.ir-ilico.fr/Les-reseaux-elementaires/Fiches-d-identite-des-reseaux-elementaires/COAST-HF) dont LOG (François Schmitt) et LERBL (Alain Lefebvre) sont membres. Interaction pérenne entre LOG et LERBL sur observation haute fréquence de la bouée Marel Carnot. Site web créé (http://coast-hf.fr ) 1 500 € accordé lors de la deuxième vague.

Le Service National d’Observation COAST HF (de l’Infrastructure de recherche littorale et côtière-IR ILICO) est un réseau qui vise à fédérer et cordonner à l’échelle du littoral français un ensemble de plateformes fixes instrumentées de mesures in situ hautes fréquences pour des paramètres clés des eaux côtières.

Ce réseau comporte 14 sites différents, dont le site de MAREL Carnot à Boulogne-sur-mer, opéré par le LER-Ifremer.

Le SNO est co-piloté au niveau national par François Schmitt (LOG).

Le SNO étant labellisé depuis 2018, il n’existait pas encore de site web. Le budget annuel délivré par ILICO, par Ifremer et par le CNRS-INSU ne permet pas de payer du personnel.

La présente demande portait sur un recrutement d’un jeune informaticien, payé en vacations, pour réaliser une première mouture du site web sous le système de gestion de contenus WordPress. Le nom de domaine est www.coast-hf.fr, il devait ensuite être alimenté avec les éléments descriptifs du réseau et les informations associées à son activité.