Appel à projets 2021

Calendrier

Diffusion de l’appel à projets : 23 septembre 2020
Clôture des dépôts de dossiers phase 1: 1er novembre 2020 (réponse le 13 novembre au plus tard)
Clôture des dépôts de dossiers phase 2 : 31 janvier 2021 (réponse avant le 12 février 2021)

Résultats

Action 2021-1. Financement d’un stage de Master 2 en géosciences du littoral en soutien au projet interdisciplinaire LOG (Jean-Yves Reynaud, Franck Adou, Rachid Ouchaou, Alain Trentesaux, Sandra Ventalon, Romain Abraham, Éric Armynot du Châtelet) en collaboration avec le M2C Caen (B. Tessier) : « Géoradar terrestre basse fréquence : application à la géomorphologie et stratigraphie haute résolution en domaine littoral ». Montant total : 3 057€ HT.

Action 2021-2. Achat de consommables et frais de mission dans le cadre du projet interdisciplinaire LOG (François Schmitt, Arnaud Héquette) en collaboration avec le M2C Rouen (Imène Turki) : « Suivi statistique de la dynamique des galets intertidaux lors de tempêtes ». Cette action est soutenue à hauteur de 1 323 € HT.

Objectif :

Suivi de la dynamique de galets sur une plage mixte à sables/galets, notamment lors des événements tempétueux, afin de connaître leur vitesse de migration.

Méthodologie :

Réalisation de forets dans les galets choisis de taille entre 7 et 30 cm de diamètre. Dans chaque trou réalisé, un « Passive Integrated Transponder » (PIT) sera positionné et fixé avec de la résine. On appelle ceci des PIT tags. Ceux-ci sont légers, de petite taille (12 x 2.1 mm, voir figure 1), et utilisé classiquement pour l’étude du comportement d’animaux. Ce type de système a aussi été utilisé pour le suivi de galets dans les rivières. Ici, il s’agit d’installer 300 PIT tags dans des galets choisis sur l’estran d’une plage où existe un cordon de galets en haut de plage (baie de Wissant). Des galets, entre 7 et 30 cm de diamètre, seront prélevés sur le haut de l’estran. La position de chaque galet sera notée.

En laboratoire un foret (plateau Lames minces, SN5, LOG) permettra d’installer un PIT tag fixé par de la résine. Chaque tag a sa propre signature. Les galets seront ensuite replacés à leur position d’origine. Le système de lecture dispose d’un bras de 65 cm qui permet de scanner la plage : la distance de détection entre le lecteur et le galet dans lequel le tag a été inséré est de 30 cm. A chaque détection d’un tag, un signal est émis. La position est notée par DGPS.

 

Premiers enseignements, étude préliminaire de faisabilité :

  • Le système fonctionne (les galets sont retrouvés) mais demande un effort conséquent pour la détection in situ.
  • En un mois, environ 80% des galets sont perdus.
  • Migration vers le nord-est.
  • Ordre de grandeur de la migration ~1m/jour.
  • Vitesse différentielle selon la position des galets dans le cordon.

L’influence de la masse et de la morphologie demande un plus gros échantillonnage.

Action 2021-3. Financement de 6 mois de stage de Master 2 en soutien à une collaboration LOG (Cédric Jamet, Vincent Vantrepotte) / LISIC (Ahed Alboody, Matthieu Puigt, Gilles Roussel) dans le cadre du projet « Fusion Spectro-Spatio-Temporelle d’Images Sentinel-2 et Sentinel-3 » (montant total de 3 330€ HT).

Action 2021-4. Organisation d’un atelier thématique international « Interactions hôte-parasite et leurs effets sur le fonctionnement des écosystèmes marins » à Boulogne-sur-Mer. Collaboration LSA (Mélaine Gay), LRHBL (Pierre Cresson) soutenue à hauteur de 3 063€ HT.

Co-organisé par le Mélanie Gay (LSA-ANSES) et Pierre Cresson (LRHBL-IFREMER), et soutenu par la SFR, cet atelier thématique international a permis de recueillir des connaissances sur les interactions hôte-parasite et leurs effets sur le fonctionnement des écosystèmes marins :


« Les parasites émergent aujourd’hui comme un compartiment clé des écosystèmes marins exploités.Leur présence dans les organismes induit des effets à l’échelle individuelle, via un impact potentiel surla condition et la croissance de leurs hôtes, et à l’échelle des assemblages et des écosystèmes, par lesinteractions biotiques qu’ils induisent et qui pourrait rendre les écosystèmes plus résistants et plusrésilients aux perturbations. Certains représentent par ailleurs une menace pour la santé humaine, etpeuvent être également utilisés comme traceurs de stocks de poissons.
À l’interface des questionnements entre santé humaine, santé animale et santé des écosystèmes, la compréhension du rôle des parasites dans le fonctionnement des écosystèmes s’inscrit donc totalement dans la volonté d’études pluridisciplinaires portées par la SFR, notamment l’approche »One Health ».


Les échanges et les débats se sont organisé autour de deux sessions :
– une première session dédiée aux aspects fondamentaux, au rôle des parasites dans le fonctionnement des écosystèmes, et aux voies de recherche à explorer.
– une deuxième session sur des questions plus appliquées, telles que l’utilisation des parasites comme traceurs de stocks, comme bioindicateurs de contamination chimique et également en appréhendant les questions liées aux risques pour la santé humaine liées aux parasites. Un lien entre les deux sessions a été développé en s’interrogeant sur les données fondamentales nécessaires (et disponible ou non) aux approches appliquées.
Intervenants locaux : Sébastien Lefebvre, Sarah Werquin, Maureen Duflot, Kirsteen Mackenzie, Gauthier Schaal, Catherine Collins, Bertrand Collet, Thibault Kersaudy, Odile Bourgau
Intervenants extérieurs: Kenneth MacKenzie (Université d’Aberdeen, Écosse), David Thieltges (NIOZ,Pays Bas) et Bernd Sures (Université de Duisbourg, Allemagne).

 

Action 2021-5. [REPORTÉE] Soutien au projet interdisciplinaire TVES « Le Tourisme dans les Hauts-de-France face au Risque Epidémique Covid-19 (THREpiCo) » . 2 000 € HT accordés.

Action 2021-6. Organisation d’un séminaire étudiant pour partager les travaux en cours menés par les étudiants en thèse et en Master, s’inscrivant dans l’Axe 1. Aide de 139€ accordée pour contribuer à l’organisation du séminaire. Collaboration LRHBL (Paul Marchal)- LSA (Mélaine Gay).

L’objectif de ce séminaire étudiant était de partager les travaux en cours au sein des différents laboratoires partenaires, et plus particulièrement ceux engageant des recherches dans le premier axe scientifique de la SFR : « Interactions, Ressources et Milieux Impactés » dont l’objectif est de comprendre la structure et la dynamique des écosystèmes marins ainsi que les interactions au sein de la biodiversité, sous contraintes de l’exploitation ou de la pollution.
Le séminaire étudiant a permis de partager les travaux en cours menés par les étudiants en thèse et en Master au sein des différents laboratoires de la SFR Campus de la Mer impliqués dans l’Axe 1, et a permis en outre à ces étudiants de bénéficier d’un regard informel extérieur sur leurs travaux, avant que ceux-ci ne soient évalués formellement à l’occasion de leur soutenance.

Action 2021-7. Achat de matériel, consommables, dispositifs de stockage et frais de mission dans le cadre d’une collaboration existante LOG (Alexei Sentchev, François Schmitt) – LPCA (Patrick Augustin, Marc Fourmentin, Anton Sokolov dans le cadre du projet EphEMER (Étude des Phénomènes météorologiques et leurs impacts sur la production Eolienne en MER). Action soutenue à hauteur de 2 820 € HT (frais de mission et achat de matériel).

L’augmentation du coût de l’énergie fossile et les effets du changement climatique ont favorisé l’exploitation des sources d’énergie renouvelable. Lauréat, en 2019, du 3ème Appel d’Offres National ‘Eolienne offshore’, le groupement EDF renouvelables assurera l’exploitation du futur parc éolien au large de la zone de Dunkerque afin d’accroître la production électrique à partir de cette énergie renouvelable. Certes, les conditions météorologiques au large, offrent de nombreux avantages aux parcs Eoliens offshore par rapport aux parcs onshore, comme des vitesses de vent plus élevées et une intensité turbulente plus réduite. Toutefois, des phénomènes physiques atmosphériques peuvent générer une irrégularité de la vitesse du vent et perturber les performances des éoliennes offshores comme le jet de basse couche communément appelé Low Level Jet (LLJ) et la brise de mer (SB). Bien que ces phénomènes soient bien connus et caractérisés au-dessus des terres, il demeure encore des incertitudes sur leur évolution au-dessus de la mer.

Il devient donc essentiel que le développement du futur parc éolien au large de Dunkerque bénéficie d’une caractérisation détaillée de ces phénomènes. Ainsi, dans le cadre du projet EPhEMER (Etude des Phénomènes météorologiques et leurs impacts sur la production Eolienne en MER), un partenariat entre le LOG, le LPCA et le groupement EDF Renouvelables a été mis en place dès 2021. L’objectif de ce projet est de développer une approche phénoménologique expérimentale de la dynamique atmosphérique afin de mieux caractériser ces phénomènes atmosphériques susceptibles d’influencer la production éolienne offshore.

Suite au soutien du projet EPhEMer par la SFR Campus de la Mer, le LOG et le LPCA ont réalisé, conjointement, au cours de l’été 2021, plusieurs campagnes de mesures, visant à mieux caractériser les phénomènes atmosphériques susceptibles d’influencer la production éolienne offshore. Dans un premier temps, l’Unité Mobile Atmosphérique (UMA), équipée de plusieurs instruments (lidar aérosol, anémomètre ultrasonique, hygromètre haute fréquence), a été déployée à Dunkerque au cours de Périodes d’Observation Intensive (POI) pendant lesquelles des vents de brises de mer et de jets de basses couches nocturnes sont survenus. La complexité des interactions des vents en altitude pourra être mise en évidence grâce aux observations des lidars doppler (WLS100 et WLS7) et l’évolution de la couche limite atmosphérique ainsi que les paramètres de la turbulence seront déduites à partir des mesures de l’UMA.

Dans un second temps, en coopération avec la Subdivision Phares et Balises de Dunkerque (Direction interrégionale de la mer Manche Est-Mer du Nord), un anémomètre ultrasonique à haute fréquence (20 Hz) a été installé à une hauteur de 12 mètres, sur une balise d’alignement, située à proximité de la digue du Braek de Dunkerque au niveau du front de mer. Les mesures de cet anémomètre ultrasonique ont permis d’obtenir des données de vent en trois dimensions et à haute fréquence sur une période de plusieurs mois. Ensuite ces données ont été analysées en vue d’évaluer divers paramètres de la turbulence et l’impact potentiel des phénomènes météorologiques sur la production éolienne. Les résultats ont permis de mettre en évidence la survenue de ‘burst’ de turbulence au sol, lors du démarrage du LLJ en altitude, confirmé par les mesures lidars. Ainsi, nous avons développé un algorithme de détection de LLJ à partir des signatures au sol déduites à partir des mesures l’anémomètre ultrasonique. Cette méthode a été appliquée sur des données de vent au sol (base de données déjà existante) afin de développer un algorithme de détection automatique de LLJ qui repose sur deux méthodes de transformée en ondelette.

En parallèle, nous avons développé et appliqué un algorithme de réseau neuronal récurrent (RNN) pour la détection des jours de brise de mer (ou … la détection de la brise marine – sans jours). La comparaison de nos résultats avec des mesures indépendantes a montré une précision de 95% (fig1). En utilisant ces méthodes de détection, il serait possible de prévoir l’occurrence de ces phénomènes météorologiques susceptible d’influencer la production éolienne offshore. Par la suite, nous envisageons d’appliquer une autre méthode d’intelligence artificielle– méthode de Deep Learning, capable de prévoir le vent aux échéances 24-72h et la génération des phénomènes atmosphériques étudiés.

Figure 1 : Test de performance de l’algorithme RNN pour l’identification des jours de SB en 2019, Sea Breeze component (SBC) moyen réel de tous les jours de SB (a), SBC moyen prévu de tous les jours de SB (b), matrice de confusion et précision (c).

Action 2021-8. Financement d’un stage informatique (2,5 mois) et frais de mission en soutien à une collaboration tripartite LOG (Fabrice Lizon) – LERBL (Alain Lefebvre, David Devreker) – LISIC (Émilie Poisson Caillault, Pierre-Alexandre Hébert) pour l’étude des données des campagnes IBTS et CGFS 2019/2020 dans le cadre de l’action « Étude des liens diversité – production primaire des microalgues par approche automatisée couplées à des techniques Geometric Machine Learning ». 1 283€ HT accordés pour la gratification de 3 mois de stage informatique.

Action 2021-9. [ANNULÉE] Financement des frais de publication dans le journal Frontiers in Marine Science (1526€ HT) pour la valorisation de projets communs LRHBL (Pierre Cresson) – LSA (Thomas Brauge, Graziella Midelet)

Action 2021-10. Frais d’inscription à un colloque international en soutien à la thèse RESASTOCK « Étude des gènes de résistance aux antibiotiques d’intérêt clinique au sein d’un réseau trophique marin et impact en santé humaine ». Collaboration LSA (Thomas Brauge, Graziella Midelet) – BioEcoAgro (Cédric Le Bris). Action soutenue à hauteur de 500€ HT

Action 2021-11. Financement de 4 mois de stage de Master 1 et aide au financement d’un colloque international (4 038 € HT). Action émergente TVES (Catherine Roche, François Guiziou) – LARJ (Frédéric Davansant, François Guiziou) pour la création d’un observatoire interdisciplinaire et international des détroits.

https://www.youtube.com/channel/UCtgTYnhqfKMAlLKxp9q5_Sw/featured

Action 2021-12. Achat de consommables de laboratoire pour soutenir le projet « Flux de calcite pélagique dans la colonne d’eau et implications pour les échanges de CO2 entre l’atmosphère et l’océan en contexte d’acidification océanique ». Collaboration entre les axes « océanologie » et « géosciences » du LOG (Alice Delegrange, Michaël Hermoso). Action soutenue à hauteur de 1 839€ HT.

Le postdoctorat de Jordan Toullec au LOG, intégrés au sein de l’équipe 1 (Ecologie pélagique planctonique) et 5 (Message minéralogiques et géochimiques dans les sédiments) a répondu en partie aux attentes de l’ANR CARCLIM (PI : Michael Hermoso). Au cours de ce postdoctorat, Jordan Toullec a réalisé des expérimentations visant à évaluer l’influence du broutage des copépodes sur les flux de calcite provenant des coccolithophoridées, via les pelotes fécales émises.

Résumé : Au sein de la communauté planctonique, la composition stœchiométrique et les caractéristiques morphologiques du phytoplancton (par exemple, la biominéralisation, la taille et la forme) peuvent résulter à la fois de la phénologique et des changements environnementaux (acidification des océans et réchauffement climatique). Le zooplancton se nourrit de producteurs primaires, ce qui contribue à l’équilibre des écosystèmes et aux cycles biogéochimiques. Afin d’étudier la réponse du comportement alimentaire du zooplancton aux changements de qualité du phytoplancton, nous avons réalisé une série d’incubation en laboratoire avec des copépodes et du phytoplancton calcifiant (coccolithophores) comprenant différentes tailles de proies et différents pools de carbone inorganique (PIC). La théorie de l’Optimal foraging prédit que les copépodes augmentent logarithmiquement leurs efforts d’alimentation avec l’augmentation de la disponibilité de la nourriture (ex : modèle d’Ivlev). Nous avons exploré les indices de broutage tels que l’émission de pelotes fécales (PF ind-1 j-1) et les estimations du taux d’ingestion basées sur la méthode de fluorescence intestinale, calibrée avec le niveau de chlorophylle a des proies sur de leurs biovolume (µm3 eq ind-1 j-1). Premièrement, nous avons démontré que le taux d’ingestion du volume équivalent de copépodes est mieux calibré sur la concentration du volume total de proies (mm3 L-1) que sur la concentration de Chlorophylle a (g Chl a L-1). Cette calibration Chlorophylle a/biovolume souligne l’importance de reconsidérer le niveau de Chlorophylle a de la proie dans le contenu fluorescent de l’intestin. Deuxièmement, nos résultats montrent une augmentation exponentielle du taux d’ingestion en fonction de la disponibilité de la nourriture, ce qui contraste avec le modèle d’Ivlev’ (réponse fonctionnelle de type II, figure suivante). Ce modèle paramétrique soutient l’implication de la qualité de la nourriture dans le comportement alimentaire. Dans notre cas, le biovolume des coccolithophores et les ratios PIC/POC semblent limiter la recherche de nourriture par les copépodes. Enfin, nous avons observé un découplage entre le taux d’ingestion et d’émission de pelotes fécales, ce qui pourrait être la conséquence de l’effet d' »obstruction » de la calcite dans l’intestin des copépodes. Ces résultats montrent que l’allométrie et la stœchiométrie des proies devraient être mieux prises en compte dans la dynamique d’alimentation des copépodes, notamment en ce qui concerne le processus de formation des boulettes fécales, qui est une voie importante de la pompe à carbone biologique.

Figure 13 : Relation fonctionnelle entre disponibilité en nourriture et taux d’ingestion en équivalent volume pour A) Temora longicronis et B) Acartia clausi. Les lignes en pointillés correspondent au modèles de Ivlev, exprimant la relation fonctionnelle optimale (Toullec et al., In prep)

La somme accordée par le Campus de la Mer a permis la réalisation des mesures de Carbone/azote particulaire (mesures CHN) réalisé à la station marine de Wimereux (achat de consommables).

Action 2021-13. Achat de produits chimiques et consommables de laboratoire en soutien au projet « Conception et caractérisation de capteurs chimiques de cadmium et de mercure opérationnels en milieu marin (CapChimCd/Hg) ». Collaboration entre l’équipe ‘verres’ (Maria Bokova, Mohammad) et l’équipe ‘modélisation’ (Anton Sokolov, Arnaud Cuisset) du LPCA soutenue à hauteur de 2 498 € HT.

Action 2021-14. [ANNULÉE] Soutien au projet « Étude des risques des risques d’érosion et de mouvements gravitaires par photogrammétrie aéroportée à très haute résolution spatiale par drone ». Collaboration LOG (Emmanuel Blaise, Alain Trentesaux, Olivier Cohen, Vincent Sipka) – TVES (Éric Masson, P. Lahousse) en collaboration avec le LAMCube (N. Bur) pour l’achat d’un drone muni d’une caméra. 1 920 euros HT

Action 2021-15. Financement d’une « quatorzaine » imposée dans le cadre d’une campagne de terrain sur l’archipel de Kerguelen du 15 novembre 2021 au 20 février 2022. Collaboration LOG (Éric Armynot du Châtelet, Maïwenn Herlédan) / TVES (Éric Masson) qui s’inscrit dans le cadre du programme de recherche de l’Institut Polaire Paul Emile Victor 1200 EnviKer (Characterization and monitoring of environments and paleoenvironments of Kerguelen using testate amoebae). Montant total : 1 500 euros HT.

Le projet est un soutien pour le déroulement de la campagne de 2021 du programme de recherche de l’Institut Polaire Français EnviKer. Les projets connexes sont donc le soutien logistique sur l’archipel de Kerguelen de l’IPEV. Le financement des analyses est en grande partie assurée par un programme EC2CO 2021-2023 : THEQKER : Ecologie des amibes à thèque dans les environnements muscicoles et édaphiques de l’archipel de Kerguelen et reconstruction des changements environnementaux récents. Une partie des analyses géochimique a pu être financé par une autre demande auprès de la SFR Campus de la Mer.

 

 

Action 2021-16. Soutien au projet « Étude Haute-Fréquence de la DYNnamique des Communautés PHYtoplanctoniques côtières au cours d’un bloom printanier (DYNCOPHY-HF) ». Achat de pièce pour la maintenance d’un cytomètre en flux automatisé (1 920 € HT). Collaboration LOG (Felipe Artigas) – LERBL (Alain Lefebvre)