Calendrier
Diffusion de l’appel à projets : 3 février 2020
Clôture des dépôts de dossiers phase : 9 mars 2020
Instruction des dossiers de candidature et communication des résultats : 16 mars 2022
Résultats
1ère vague : 7 demandes reçues, dont 6 éligibles intégralement (actions 1 à 6) et une éligible partiellement (action 7) pour un montant total de 19 575€ HT environ.
2ème vague : 2 demandes reçues et éligibles (action 8 et 9) pour un montant de 7 746 € HT environ. Les actions 1 et 2 ont bénéficié respectivement d’un complément de 250€ HT et 392€ HT.
Action 2020-1. Soutien à la valorisation de travaux communs s’inscrivant dans l’Axe 2 thème 2.3 : action de promotion de la plateforme 3PAC au colloque Micro 2020. Interactions LSA (Alexandre Dehaut, Guillaume Duflos), BioEcoAgro (Périne Doyen, Thierry Grard), et LOG (Sami Souissi, Sébastien Monchy, Rachid Amara). Budget alloué initial : 1 150 € – aucuns frais engagés car le colloque a finalement eu lieu en visioconférence
Action 2020-2. Financement d’analyses pour appuyer des travaux de thèse pour un montant de 3 705 euros. Interactions LOG (Éric Armynot du Châtelet, Maiwenn Herlédan) et TVES (Éric Masson) s’inscrivant dans l’Axe 3.
Le projet soumis à la SFR Campus de la Mer est une action ponctuelle de soutien dans un projet plus vaste qui se déroule au moins sur trois ans :
Phase 1 – Analyse spatiale de la biodiversité dans son contexte environnemental
L’objectif de cette première phase est d’établir la biodiversité des amibes à thèque à l’échelle de l’archipel de Kerguelen et d’en définir des paramètres forçant (diversité du substrat, muscicole, édaphique, géochimie minérale et organique, hygrométrie).
La première phase du projet (appuyée par la première année de campagne de prélèvements financée par l’Institut Polaire Français : 8 novembre 2019 au 2 janvier 2020), consiste à proposer une cartographie la plus dense et la plus exhaustive possible des communautés d’amibes à thèque dans les différentes unités du paysage de l’archipel de Kerguelen tout en suivant un gradient de précipitations Est-Ouest, un gradient de qualité et de quantité du substrat organique et inorganique. Les études paysagères sont définies par télédétection satellitaires (principalement les images Sentinel 1 et 2). Pour chaque unité environnementale géographique et végétale, nous définirons les espèces indicatrices.
Ce premier objectif devra répondre aux questions :
-Quelle est la diversité des amibes à thèque sur l’archipel de Kerguelen ?
-Quelles sont les proportions d’espèces d’amibes à thèque endémiques cosmopolites ?
-Comment cette diversité d’un archipel isolé s’insère dans une distribution à l’échelle de l’hémisphère Sud.
-Quelles sont les relations entre les couvertures végétales in-situ et les observations satellites ?
-Quelles sont les relations entre les amibes à thèque et leurs environnements de vie ?
Phase 2 –
Analyse temporelle des changements de l’environnement
L’objectif de cette deuxième phase est d’établir une chronologie des changements environnementaux et climatiques enregistrés dans l’archipel de Kerguelen.
Les amibes à thèque, grâce à leur squelette peuvent être préservées dans les dépôts terrigènes ou biogènes (tourbes). Lors de cette phase, les relations quantitatives entre amibes à thèque et environnement seront appliquées à des carottes permettant de remonter de quelques dizaines à plusieurs centaines d’années pour une reconstitution des changements environnementaux récents et historiques. En effet, l’archipel de Kerguelen se situe sur une zone clef pour l’étude des changements environnementaux avec une très forte réduction de précipitation dans les dernières années. L’établissement de ce proxy amibe à thèque sera complémentaire aux études menées par les glaciologues par exemple. Les carottes sédimentaires analysées seront celles prélevées lors de la deuxième campagne d’échantillonnage réalisées entre décembre 2021 et févier 2022.
Ce second objectif devra répondre aux questions suivantes :
-Comment est enregistrée la diversité des amibes à thèque dans les environnements tourbeux et sédimentaires de l’archipel de Kerguelen ?
-Quel est le degré de fiabilité des amibes à thèque dans la reconstitution des paléo-environnements et son applicabilité à cette région de l’hémisphère Sud? Une fonction de transfert est-elle applicable dans les mêmes conditions que dans l’hémisphère Nord?
La demande de financement d’analyse auprès de la SFR Campus de la Mer porte donc sur la phase 1 du projet et plus particulièrement sur le financement d’analyses des isotopes stables du carbone et de l’azote des sédiments organiques au sein desquels vivent les amibes à thèque ainsi que des analyses géochimiques des éléments majeurs et traces de ces mêmes sédiments.
Action 2020-3. [ANNULÉE] Soutien au développement d’un outil numérique (action émergente) : « Étude des liens diversité-production primaire des microalgues par approche automatisée couplées à des techniques Geometric Machine Learning ». Ce projet collaboratif entre le LOG ( Fabrice Lizon), l’IFREMER-LERBL (Alain Lefebvre, David Devreker) et le LISIC (Emilie Poisson-Caillault, Pierre-Alexandre Hébert) est financé à hauteur de 3 220 euros.
Action 2020-4. [REPORTÉE 2021] Organisation d’un séminaire étudiant autour des thématiques de l’Axe 1 organisé par le LRHBL (Paul Marchal) et le LSA (Mélanie Gay), pour un montant de 2 000 euros.
Action 2020-5. [REPORTÉE 2021] Atelier thématique international « Interactions hôte-parasite et leurs effets sur le fonctionnement des écosystèmes marins » co-organisé par le LRHBL (Pierre Cresson) et le LSA (Mélanie Gay) à Boulogne-sur-Mer pour un montant de 3500 euros. Cet action s’inscrit dans l’Axe 1 thème 1.3.
Action 2020-6. Projet d’observations en mer et d’analyse de données : achat de consommables et frais de missions pour un montant de 3 900 euros. Ce projet vise à bâtir une nouvelle synergie entre le LOG (Alexei Sentchev, François G. Schmitt, Xavier Mériaux) et le LISIC (Guillaume Fromant, Geaorges Stienne, Serge Reboul). Projet scientifique de rattachement : CPER MARCO, Axe 1, Action 1.4 et Axe 6, Action 6.2
Notre action s’inscrit dans un cadre scientifique défini dans le CPER MARCO (Axe 1.4) et visant de mieux comprendre les relations entre la turbulence et le transport particulaire, incluant des particules minérales et planctoniques (phytoplancton, zooplancton). Elle est dédiée à la réalisation des mesures en mer en utilisant (a) une station benthique autonome multi-capteurs du LOG pour les mesures simultanées et en continu de la turbulence et des concentrations de la matière particulaire et (b) des profils verticaux des concentrations réalisés depuis le bateau au point fixe – au point du déploiement de la station benthique.
Deux objectifs sont visés par cette action :
- Le premier est de quantifier la turbulence et son évolution spatio-temporelle à partir des mesures de vitesse des courants par un instrument acquis dans le CPER MARCO (profileur de vitesse Doppler (ADCP) “Signature 1000”). Les données obtenues ne sont pas facile à interpréter.
- Le deuxième objectif vise à estimer les contributions issues de matières organiques et matières minérales contenues au sein d’un même signal de concentration. En effet, les mesures d’intensité acoustique rétrodiffusées issues du Signature 1000 ne font pas la distinction entre matière minérale et organique de par leur caractère monofréquentiel. Cette distinction est pourtant essentielle afin d’évaluer l’évolution temporelle des matières organiques (phytoplancton, zooplancton).
Les chercheurs du LISIC (équipe Specifi) souhaitent développer dans le cadre de cette collaboration des méthodes de traitements de données acoustiques et optiques par fusion d’information. De plus, dans ce projet, le LISIC apporte son expertise dans le domaine du traitement et de l’interprétation de mesures multifréquences acoustiques acquises à l’aide d’un AQUAscat 1000.
La collaboration LOG-LISIC permet de développer de nouveaux estimateurs hors-ligne visant à identifier et caractériser les matières en suspension (distinction des fractions minérales et organiques) dans la colonne d’eau, afin de mieux comprendre les relations entre la turbulence et le transport particulaire. Ces estimateurs reposeront sur les propriétés de diffusion acoustique des particules et seront par la suite testés sur des données réelles acquises en mer.
Action 2020-7. Soutien à un projet de recherche émergent (frais d’analyses) : « Les stress émergents chez les organismes intertidaux : approche par la protéomique ». Collaboration LOG (Vincent Bouchet, Laurent Seuront, Nicolas Spilmont, Dewi Langle) et le LSA (Guillaume Duflos et Alexandre Dehaut) soutenue à hauteur de 2 500€ HT.
Dans un contexte de pression forte pour les organismes marins (changement climatique, pollution par les plastiques), il nous apparaît opportun de déterminer comment les organismes intertidaux, vivant à l’interface du continuum terre-mer, répondent à ces stress. En effet, le changement climatique génère des vagues de chaleur de plus en plus intenses et récurrentes, provoquant des contraintes thermiques aigües. D’autre part, l’accumulation de plastiques sur les zones intertidales n’est pas sans poser de problèmes pour le milieu benthique. En effet, la matière manufacturée vierge peut relarguer sous forme dissoute (i.e. lixiviat) des substances toxiques dans le milieu tel que (i) des additifs associés à sa fabrication (phtalate, bisphenol A, nonylphenol) et (ii) des polluants adsorbés à la surface des débris plastiques lors de leur séjour dans la colonne d’eau (éléments traces métalliques, HAP, PCB). Si la limite létale est facilement mesurable ; les effets plus insidieux, non létaux immédiatement de ces 2 stress, mais avec des conséquences à moyen et long terme sur la survie des organismes, sont à ce jour moins connus. Dans ce projet, nous nous proposons d’évaluer comment 2 espèces intertidales avec des niveaux de complexité différentes, i.e. une espèce de métazoaire le gastéropode Littorina littorea et une espèce de protozoaire le foraminifère Haynesina germanica, répondent à ces stress émergents. La réponse non-létale de ces espèces sera mesurée selon 3 approches :
- cellulaire : via l’expression de protéines de stress
- physiologique : via la quantification du métabolisme respiratoire
- comportementale : via la mesure de différents paramètres du comportement
Les résultats des analyse protéiques sur les foraminifères sont en cours d’analyse.
Action 2020-8. Soutien à la construction de trois “AGITURB” pour expérimentation turbulente sur le phytoplancton. Projet interdisciplinaire porté par un physicien (François Schmitt, LOG) et une biologiste (Urania Christaki, LOG). Montant de la subvention : 2446 euros HT.
Construction de systèmes AGITURB pour des expérimentations turbulentes sur le phytoplancton.
Au LOG, des travaux portent depuis de longues années sur la turbulence et les couplages entre turbulence et plancton. La turbulence joue un grand rôle dans le transport de composés dissous (sels nutritifs), le transport de particules inertes ou vivantes (phytoplancton, zooplancton), et le taux de contact entre celles-ci. Dans ce domaine, dans le cadre du projet CPER MARCO une étude est en cours depuis 2019 pour mettre en place au laboratoire un système de génération de turbulence appelé AGITURB. Quatre agitateurs avec des sens de giration contrarotatifs sont placés sous un aquarium pour générer une turbulence ayant, dans une zone centrale, des propriétés statistiquement homogènes et isotropes. Ce système a été mis en place depuis quelques mois au sein du LOG pour mesurer l’influence de la turbulence sur des copépodes.
Dans le cadre du présent projet, nous proposons d’utiliser ce système pour générer une turbulence à la fois contrôlée, et d’une intensité variable pouvant être modifiée en changeant la vitesse de rotation des agitateurs. Le niveau de turbulence est caractérisé par le nombre de Reynolds Re, la valeur de l’énergie cinétique K, et le taux de dissipation. Les valeurs de ces trois paramètres en fonction de la vitesse de rotation sont connues. Actuellement au LOG existe 1 système. Dans le cadre des expérimentations avec les diatomées Pseudo-nitzschia on a besoin d’un total de 9 systèmes, dont 6 seront équipés des agitateurs (et 3 servent de contrôle). Le projet financé par la SFR Campus de la mer a servi à participer au financement de ces systèmes supplémentaires.
Action 2020-9. « Écologie parasitaire et réseaux trophiques (ParaTroph) » : réactifs et consommables pour l’ analyse des échantillons issus de la campagne scientifique IBTS 2021 de l’Ifremer. Collaboration LRHBL (Pierre Cresson, Sarah Werquin) / LSA (Mélanie Gay) soutenue à hauteur de 5 904 €.
Les parasites sont souvent vus uniquement comme une menace pour la santé, que ce soit de leur hôtes animaux ou des consommateurs humains. Ils ont également été fréquemment utilisés comme marqueurs de populations et de contamination chimique. Pour autant, une vision moderne de l’écologie les intègre comme des membres à part entière du fonctionnement des écosystèmes et décrit les relations hôte-parasite comme ayant les mêmes effets que les relations proie-prédateur sur le maintien de la biodiversité et la résistance aux perturbations. Au sein des écosystèmes aquatiques, les Anisakidae, nématodes parasites, représentent les parasites les plus fréquemment observés dans les poissons. Ces parasites sont présents au stade larvaire dans divers organes des poissons et leur cycle biologique repose sur des relations proie-prédateur. Ils ont donc un rôle probablement prépondérant dans le fonctionnement des écosystèmes marins. Ils ont par ailleurs été décrits comme zoonotiques.
Dans le cadre d’une approche multidisciplinaire et holistique, le Laboratoire Ressources Halieutiques Manche Mer du Nord et le Laboratoire de Sécurité des Aliments – site de Boulogne sur Mer ont abordé la thématique de l’écologie parasitaire. L’objectif était double : d’une part acquérir des données pour une meilleure compréhension des mécanismes régissant les niveaux d’infestation des poissons par les larves d’Anisakidae et d’autre part évaluer l’influence de ces parasites sur les réseaux trophiques et caractériser les flux trophiques entre ces hôtes et ces parasites. Le co-encadrement d’une étudiante du Master 2 FOGEM en alternance à l’Ifremer a permis de développer cette thématique en prenant comme modèle d’étude les relations entre les Anisakidae et le merlan en Manche-mer du Nord.
Des échantillons issus de la campagne scientifique IBTS 2021 de l’Ifremer ont fait l’objet d’une recherche des Anisakidae présents et de l’analyse comparée des traceurs trophiques (isotopes stables et contenus stomacaux) dans l’hôte poisson et dans ses parasites. Par ailleurs, des données environnementales (coordonnées géographiques, température, …) et biotiques (données biométriques) ont été consignées pour chaque échantillon. La zone d’échantillonnage a été subdivisée en 5 zones : la Manche, le Sud, l’Est, le Milieu et l’Ouest de la Mer du Nord. Toutes zones confondues, 397 merlans ont été analysés, avec des effectifs et des tailles comparables entre les zones. Les prévalences (nombre de poissons infestés par au moins un parasite sur le nombre de poissons analysés) observées pour chaque zone géographique variaient de 42,17% à 67,61%. Par ailleurs, les prévalences étaient croissantes en fonction de la taille des individus. Les résultats des identifications moléculaires des parasites ont montré la présence de 2 espèces d’Anisakis, A. simplex et A. pegreffii et la présence du genre Contracaecum (identification à l’espèce en cours) avec des localisations différentes dans les organes des poissons en fonction des genres de parasites.
